次年，阿桂奉命去赴清口勘察堤工，并勘察江南桃源安东黄河漫口情形及堵筑事宜。
乾隆五十二年六月，阿桂赶到河南睢州督促十三堡处堵塞事宜，历时四个月终于成功修筑拦黄坝，
次年七月，阿桂又奉命前往荆州去查看水患情况，提出来先筑坝再挖引河的治理办法，取得巨大成效。
乾隆四十六年甘肃的撒拉族和回族民众举行了起义，乾隆帝命阿桂和和珅前往督师，
阿桂此时在督办河工和珅先至甘肃，督师镇压，损失惨重，和珅将责任归咎诸将不听调遣，
阿桂到甘肃军营，诸将令行禁止，乾隆将和珅调回京师，阿桂全权负责军事。
阿桂根据起义军的防守现状，调来善于山地作战的军队，切断起义军的水源，将之团团围住，
同年七月起义军防线被清军突破，首领苏四十三战死，余部被全歼。
乾隆四十九年四月，回民在新教阿訇田五等人的领导下，在甘肃通渭石峰堡再次起义，西安副都统明善战死。
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