镇邪司总部由大司尊执掌，大司尊之下设三大域主，以及数量众多的长老。
三大域主分别掌管东域神土、西域试炼之地和南域大地三大分部的事务，可谓权力滔天。
而众多长老跟三大域主平级，实力也相差仿佛。
不过长老们通常并不负责具体事务，而是作为一群应对突变的高手，随时听候大司尊的调遣。
三大分部若是遇上无法应对的事情，就可以传信大司尊，由大司尊派遣长老高手前往支援。
另外在三大域主之下，还设有镇邪大将、镇邪副将、镇邪统领、千户、副千户、上百户、下百户、镇邪使和镇邪卫等职位。
而赵牧今日见到的云夜，就是南域分部辖下的一个上百户。
另外，就像百年前跟方雪瑶说的一样，镇邪司虽然由仙界仙使牵头创建，但仙使们却并不参与管理镇邪司事务，也不会出手斩妖除魔。
但仙使会评判镇邪司之人的功绩，任何镇邪司之人，只要通过斩妖除魔立下足够功德，就能够获得飞升成仙的资格，位列仙班。
所以在道义和利益的驱使下，几乎每一个镇邪司之人，都对斩妖除魔无比狂热。
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